U osób chorych na boreliozę ma też miejsce zakażenia kilkoma innymi patogenami przenoszonymi przez kleszcze. Jedna z nich są flaviovirusy – groźne patogeny mogące doprowadzić nawet do zgonu.

Nazwa Flawiwirusy pochodzi od wirusa żółtej gorączki (łac. Flavus – żółty) i są rodzajem wirusów z rodziny Flaviviridae, które są odpowiedzialne za kleszczowe zapalenie mózgu (KZM). Wirusy te najczęściej objawiają się u osób dorosłych w wieku od 35-49 lat lub u osób z obniżoną odpornością trwającą przez długi czas. W zależności od szczepu zakażenie może przebiegać bezobjawowo lub mogą pojawić się objawy grypopodobne. W fazie ostrej dochodzi do zainfekowania ośrodkowego układu nerwowego (OUN) i doprowadzenia do uszkodzenia komórek nerwowych. Postać taka przyczynia się do pojawienia się zapaleniem korzeni nerwowych lub zapaleniem mózgu.