Borelioza przebiega często z towarzyszącymi jej objawami, wywołanymi przez tzw. koinfekcje odkleszczowe. Są to mikroorganizmy, które dostały się do organizmu wraz z ugryzieniem przez kleszcza. W przypadku zakażeń wieloobjawowych trudno jest określić konkretny patogen przyczyniający się do powstawania dolegliwości. 

Koinfekcje wraz z krętkiem Borreli mogą zmieniać obraz kliniczny i stopień choroby. Toksyny produkowane przez nie, utrudniają leczenie i doprowadzają do występowania charakterystycznych dla siebie objawów.